למרכז המועצות האזוריות ניתן ייעוץ כלכלי בנושאים שונים, לרבות ניתוחים ובדיקות כלכליות, סיוע וייעוץ למועצות אזוריות בנושאים ספציפיים, הכנת ניירות עמדה, הכנת חומר מקצועי רלוונטי ועוד.

הייעוץ כולל חברות בוועדות בין-משרדיות שונות, העוסקות בסוגיות מגוונות הקשורות לשלטון המקומי וייצוג מרכז המועצות האזוריות כנדרש בנושאים המשותפים למרכז השלטון המקומי ולמרכז המועצות האזוריות, תוך שמירה על האינטרסים המיוחדים למועצות האזוריות בכל נושא.