למרכז השלטון האזורי, ניתן ייעוץ כלכלי בנושאים שונים, לרבות ניתוחים ובדיקות כלכליות, סיוע וייעוץ למועצות אזוריות בנושאים ספציפיים, הכנת ניירות עמדה, הכנת חומר מקצועי רלוונטי ועוד.

הייעוץ כולל חברות בוועדות בין-משרדיות שונות, העוסקות בסוגיות מגוונות הקשורות לשלטון המקומי וייצוג מרכז השלטון האזורי כנדרש בנושאים המשותפים למרכז השלטון המקומי ולמרכז השלטון האזורי, תוך שמירה על האינטרסים המיוחדים למועצות האזוריות בכל נושא.